คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัย มีการจัดการเรียนการสอนร่วมกันทั้งในระดับปริญญาตรี โท และเอก โดยความร่วมมือระหว่างภาควิชา 3 ภาควิชาคือ
1. ภาควิชาเภสัชกรรมปฏิบัติ
2. ภาควิชาเทคโนโลยีและเภสัชกรรม
3. ภาควิชาเภสัชเคมีและเภสัชเวท
และ 3 สถานวิจัยเพื่อความเป็นเลิศทางวิชาการ คือ
1. สถานวิจัยเพื่อความเป็นเลิศทางวิชาการ ด้านอนามัยสิ่งแวดล้อมและพิษวิทยา มหาวิทยาลัยนเรศวร
(Center of Excellence for Environmental Health & Toxicology - Naresuan University (EHTox-NU))
2. สถานวิจัยเพื่อความเป็นเลิศทางวิชาการ ด้านนวัตกรรมทางเคมี
3. สถานวิจัยเครื่องสำอางและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ
โดยมีสำนักงานเลขานุการคณะเภสัชศาสตร์ เป็นฝ่ายสนับสนุนการดำเนินงานของคณะในด้านต่างๆ ซึ่งแบ่งเป็นงานต่างๆ ได้ดังนี้
1. งานธุรการ
2. งานการเงินและพัสดุ
3. งานนโยบายและแผน
4. งานบริการการศึกษา
5. งานกิจการนิสิต และศิษย์เก่าสัมพันธ์
6. งานห้องปฏิบัติการ
7. งานอาคารสถานที่ และเทคโนโลยีสารสนเทศ
นอกจากนี้ ยังมีหน่วยงานที่อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะ ได้แก่
1. สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน |