งานธุรการ เป็นงานหนึ่งในสำนักงานเลขานุการคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร โดยมี  นางสาวอรัญญา อินทโชติ
รักษาการในตำแหน่งหัวหน้างานธุรการ มีภารกิจหลักในการบริหารงานบุคคล งานสารบรรณ การประชาสัมพันธ์ งานเลขานุการภาควิชา
รวมทั้งเลขานุการผู้บริหาร ด้วย ซึ่งแบ่งออกเป็น 4 หน่วยงานย่อยภายใต้งานธุรการ ได้แก่

            1. หน่วยบุคคล มีบุคลากร จำนวน 1 คน มีภารกิจในการบริหารงงานบุคคล การพัฒนาบุคลากร และการประเมินผลการปฏิบัติงาน ของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร

            2. หน่วยสารบรรณ มีบุคลากร จำนวน 3 คน มีภารกิจในการรับส่งหนังสือ จดหมาย และการผลิตเอกสาร ของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร

            3. หน่วยประชาสัมพันธ์ มีบุคลากร จำนวน 1 คน มีภารกิจในการเผยแพร่ ประชาสัมพันธ์ ข้อมูลข่าวสารทั้งภายในและภายนอกคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร

            4. หน่วยเลขานุการภาควิชา มีบุคลากร จำนวน 4 คน มีภารกิจในการเป็นเลขานุการผู้บริหาร เลขานุการภาควิชา และให้บริการประสานการจัดการเรียนการสอนของภาควิชา