งานนโยบายและแผน เป็นงานหนึ่งในสำนักงานเลขานุการคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร โดยมี นางสาวมหัทธนา คลังสมบัติ รักษาการในตำแหน่งหัวหน้างานนโยบายและแผน มีภารกิจหลักในการบริหารงบประมาณ การจัดทำแผนปฏิบัติการ การประกันคุณภาพการศึกษา
และการบริหารความเสี่ยง ของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ซึ่งแบ่งออกเป็น 3 หน่วยงานย่อยภายใต้งานนโยบายและแผน ได้แก่
           
             1. หน่วยนโยบายและแผน มีบุคลากร จำนวน 2 คน มีภารกิจในการบริหารงบประมาณ การจัดทำแผนปฏิบัติการประจำปี การวิเคราะห์อัตรากำลัง และการจัดทำรายงานประจำปี ของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร 

              2. หน่วยประกันคุณภาพการศึกษา มีบุคลากร จำนวน 2 คน (บุคลากรเป็นคนเดียวกับงานนโยบายและแผน) มีภารกิจในการวางแผนการประกันคุณภาพการศึกษา การประเมินตนเอง การเตรียมพร้อมรับการประเมิน และการรายงานผลการประเมินการประกันคุณภาพการศึกษา ของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร

              3. หน่วยบริหารความเสี่ยงและควบคุมภายใน  มีบุคลากร จำนวน 1 คน มีภารกิจในการบริหารความเสี่ยง การควบคุมภายใน ประสานการตรวจสอบภายใน และการพัฒนาระบบฐานข้อมูล ของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร