การบริหารจัดการของคณะเภสัชศาสตร์ ภายใต้การกำกับดูแล การดำเนินการและสนับสนุนการปฎิบัติงานโดยคณะกรรมการประจำ
คณะเภสัชศาสตร์ ซึ่งมีคณบดีเป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุด ประกอบด้วยรองคณบดี ได้แก่ ฝ่ายบริหาร ฝ่ายวิชาการ ฝ่ายกิจการนิสิตและบริการสังคม
ฝ่ายนโยบายและแผนและวิจัย ฝ่ายพัฒนาวิชาชีพและสร้างเสริมประสบการณ์ หัวหน้าภาควิชา หัวหน้าสำนักงานเลขานุการคณะและผู้ช่วยคณบดี
3 ฝ่าย คือฝ่ายพัฒนาและประกันคุณภาพ ฝ่ายวิชาการ และฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ รวมทั้งผู้แทนของคณาจารย์ การบริหารจัดการของ คณะเภสัชศาสตร์ ที่ผ่านมาสอดคล้องกับกรอบนโยบายของคณะเภสัชศาสตร์และมหาวิทยาลัยนเรศวรที่กำหนดไว้ มีการจัดทำแผนปฏิบัติการ ประจำปี เพื่อให้บรรลุเป้าประสงค์ที่กำหนดไว้ตามแผนยุทธศาสตร์ของคณะเภสัชศาสตร์ โดยคณะกรรมการประจำคณะเภสัชศาสตร์ กำหนดให้มีการประชุมเป็นประจำ ทุกเดือนเพื่อติดตามการดำเนินงานให้เป็นไปตามแผนงานบริหารและแผนปฏิบัติการประจำปี สามารถแก้ไขปัญหา หรืออุปสรรคที่อาจเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง คณะกรรมการฯ มีการถ่ายทอดผลการประชุมผ่านทางสื่ออิเล็กทรอนิกส์ให้บุคลากรได้รับทราบโดยทั่วกัน ด้านการบริหารจัดการระดับหน่วยงานย่อยของคณะเภสัชศาสตร์ ในระดับภาควิชาและบุคลากรสายสนับสนุนจะมีการประชุมประจำเดือนเช่นกัน เพื่อให้เกิดการประสานงาน ถ่ายทอดข่าวสาร และนำไปสู่การปฏิบัติจริง ก่อให้เกิดการสื่อสารสองทางและการมีส่วนร่วม ของบุคลากรภายใน คณะเภสัชศาสตร์
         คณะเภสัชศาสตร์ได้นำแนวทางการประกันคุณภาพและการบริหารความเสี่ยงมาถือปฏิบัติและพัฒนาด้านบริหารจัดการในทุกระดับ ซึ่งจะช่วยระบุความเสี่ยงและช่วยป้องกันความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นได้ในเบื้องต้น ในด้านของการพัฒนาทรัพยากรและสิ่งแวดล้อม คณะเภสัชศาสตร์ ส่งเสริมทรัพยากรบุคลากรในด้านต่างๆอย่างต่อเนื่อง เพื่อธำรงรักษาบุคลากรที่มีศักยภาพและคุณภาพ พร้อมทั้งจัดสรรงบ ประมาณและเวลาให้เกิดการพัฒนาประสิทธิภาพการทำงาน โดยมีโครงการให้บุคลากรทุกคนได้ไปฝึกอบรมวิชาการทั้งภายในและภายนอกประเทศ รวมทั้งเปิดโอกาสให้สามารถศึกษาต่อในระดับสูงขึ้น คณะเภสัชศาสตร์มีนโยบายและการดำเนินงานด้านความปลอดภัยและสิ่งแวดล้อม อาทิ การจัดอบรมและฝึกภาคสนามการเตรียมความพร้อมรับมืออุบัติภัยและอัคคีภัย การทำนุบำรุงอาคารสถานที่และปัจจัยทางกายภาพให้อยู่ในสภาพ ใช้งานได้ดี การส่งเสริมให้มีการใช้ทรัพยากรอย่างประหยัดและได้ประโยชน์สูงสุด ซึ่งเป็นส่วนสำคัญต่อการบรรลุพันธกิจหลักของคณะเภสัชศาสตร์ ทั้งด้านการจัดการเรียนการสอนและการวิจัย
         นอกจากนี้คณะเภสัชศาสตร์ให้ความสำคัญด้านสุขภาพกายและจิตของบุคลากร โดยมีโครงการเพื่อส่งเสริมสุขภาพ อาทิ การตรวจสุขภาพ ประจำปี กีฬาระหว่างบุคลากร การจัดสถานที่สำหรับออกกำลังกาย การบริหารจัดการด้านการเงิน และพัสดุของคณะเภสัชศาสตร์ ได้รับการประเมินระดับที่ดีมาก มีประสิทธิภาพ ถูกต้อง โปร่งใส และเป็นปัจจุบัน มีฐานข้อมูลที่ช่วยผู้บริหาร ในการตัดสินใจได้เป็นอย่างดี อย่างไรก็ตามการบริหารการจัดการที่เกี่ยวข้องกับการประชาสัมพันธ์ทั้งภายในและภายนอกคณะนั้น กำลังมีการ พัฒนาระบบและกลไกการสื่อสาร ให้มีประสิทธภาพเพิ่มขึ้น การนำเทคโนโลยีสารสนเทศมาเป็นส่วนหนึ่งของการดำเนินการคณะฯมากขึ้น เช่น การนำระบบรับส่งเอกสารงานธุรการ ทางอิเลกทรอนิกส์ (e-document) และการพัฒนาระบบฐานข้อมูลสารสนเทศให้ทันสมัย เพื่อให้การบริหาร จัดการคณะเภสัชศาสตร์มีประสิทธิภาพ ส่งผลต่อการพัฒนาคณะฯอย่างเต็มที่